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 三月，那一夜，民進黨的總統候選人陳水扁不出所料，以百分之一的差距敗給呼聲最高的獨立參選人宋楚瑜，陳水扁發表尊重偉大的人民的選擇聲明，民主進步黨主席林義雄宣布引咎辭職，民進黨暫時無法尋找代替人選；李登輝在馬英九及李煥的帶頭威脅下辭去國民黨黨主席之職由連戰暫代。
四月五日，中國國民黨召開紀念總裁臨時中常會，中常委馬英九發表迎接宋楚瑜聲明，要求國民黨修改黨章，以迎接宋楚瑜回黨接任黨主席。宋楚瑜表示安慰。
同年五月二十日，宋楚瑜就職中華民國總統，並接任中國國民黨黨主席。上任第一天，宋楚瑜宣布將追究前總統李登輝的貪污黑金事實。同時，宋楚瑜發布由吳伯雄擔任行政院長，蕭萬長發表譴責宋楚瑜追殺李登輝的聲明後離開國民黨。李慶安就任教育部長，經濟部長則委由邱毅擔任，內政部長由在競選期間力挺宋楚瑜的顏清標出任。基隆出身的立委劉文雄則接掌財政部。
吳伯雄上任第一天，宣布核四將在同年年底一定完工，應立即更換高鐵經營權，殷琪黯然讓出經營權，由陳由豪出任高鐵董事長。宋楚瑜並宣布李遠哲涉入政治失去中研院院長應有公正身分，已口頭請辭獲准，遺缺由許倬雲接任。民進黨由最高地方首長高雄市長謝長廷出任黨主席。
六月中旬，宋楚瑜總統宣布成立李登輝調查委員會，由林洋港擔任主任委員，郝柏村擔任副主任委員，並敦請李煥、王作榮、陸以正等二十五人擔任執行委員；七月一日，該委員會宣布李登輝任內貪污超過一千億，將李登輝、蘇志誠等人移送法辦。前總統李登輝因而被送至土城看守所拘禁並不得見客。東京都知事石原慎太郎發表譴責中華民國政府聲明，中華民國政府發言人新聞局長謝公秉請石原勿干預內政。
八月，台北市長馬英九晉見總統，請求支援調查前台北市長黃大洲及陳水扁在捷運施工期間的貪瀆，宋總統下令以檢調系統二十五人成立調查委員會，趙少康出任主任委員。九月，陳水扁、黃大洲兩位前市長入獄。宋楚瑜為了平息支持李登輝與陳水扁的聲浪，宣布將不對李登輝處以死刑，請全國民眾靜待司法調查結果。
十二月二十五日行憲紀念日大會上，宋楚瑜總統宣布李前總統即將因為貪瀆而被判無期徒刑，聲援者隔日走上已經改回介壽路的前凱達格蘭大道，台北市長馬英九下令鎮壓，逮捕擔任民進黨黨主席的高雄市長謝長廷，指稱謝長廷煽動群眾內亂。內政部宣布由吳敦義回鍋代理高雄市長。支持群眾眾怒沸騰，宋楚瑜宣布行政院長應該負責，吳伯雄去職，宋楚瑜任命嘉義市長張博雅組閣，代理市長宣布加入國民黨。嘉義市第一次由國民黨執政。張博雅以無黨籍身分請求民眾散去，他將會秉公處理，十二月底謝長廷被釋放，回任高雄市長。
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