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蔡英文是否繼續兼任黨主席已成為熱門話題，經過民調，贊成她不要兼任黨主席的人較多，可是媒體界有人分析，陳水扁與馬英九都嘗試過黨政分離，但都吃盡苦頭，後來又黨政合一。其所提出的例子是二○○○年陳水扁當上總統時主張黨政分離，可是二○○二年他還是接了黨主席。二○○八年馬英九上台時也主張黨政分離，但在立法院行使監察院正副院長及監察委員任命同意權時，副院長及多位委員候選人落馬，造成馬英九逼退吳伯雄，再度接黨主席。
上述媒體界的分析並沒有真正瞭解真相，陳水扁於二○○二年接黨主席並非利用黨的力量來控制黨內政治人物，而是規劃二○○四年的總統選舉，若是他沒有兼任黨主席，擔心黨部發出與競選總部不同的主張，他只不過將政黨當作選舉工具而已，不是權力中心，總統連任選舉後，他就對黨主席這個職位興趣缺缺。馬英九則不同，他所以回鍋接黨主席，是因為總統管不了立法委員，但黨主席可以，中國國民黨不只掌握資源，更控管了不少樁腳，政治人物非常依賴政黨，所以該黨的立委會聽命於黨主席。
中國國民黨所以會形成「以黨領政」的政治生態，其理由乃源自獨裁統治年代，當時的政策都在中常會形成，再交由從政黨員執行，部會首長及立委均遵循中央黨部的命令行事。該黨在全國各地區成立民眾服務站，培養了很多樁腳。政治人物除了自己需要培養樁腳外，相當依賴黨部的樁腳，事實上政治人物的樁腳大部分與黨部的樁腳重疊，選舉時，候選人相當依賴黨部。
除了樁腳外，還牽涉資源問題。大企業家的捐獻往往期待回饋，由於中國國民黨以黨領政，企業家捐款給黨部，就等於捐給所有政治人物一樣，因為政治人物會聽命於黨部。顯然的，中國國民黨不只掌控樁腳，還擁有資源，最妙的還可以合法洗錢，企業家捐的錢先送到黨部，再由黨部轉給政治人物，等於由左手交給右手，就算被發現有對價關係，也屬政治獻金，沒有行賄的問題。
政治民主化之後，中國國民黨並沒有脫離「以黨領政」的政治生態，因為黨部照樣掌握資源及樁腳，雖然沒有獨裁統治年代那樣黨部可以直接指揮政界，但有能力左右政治人物的走向。民進黨則完全不同，它出身在野黨，是由一群政治人物聚合而成。形成政黨之後，由於在選舉時出現合縱連橫的運作，很快形成派系，而各派系的資源及樁腳各自獨立，黨部只是空架子，既沒有資源，更無樁腳。
民進黨的黨部既然是空架子，企業家當然不會將錢捐給黨部，而是捐給政治人物，因為捐給黨部得不到回饋，也因為如此，兩黨候選人與黨部之間出現很大的差異，中國國民黨會補助政治人物的選舉，民進黨卻分配額度要政治人物幫黨部募款，兩黨差距頗大。兩黨還出現一個相當大的區別，一樣拿了企業家的錢，而且有對價關係，發生在民進黨則為行賄，在中國國民黨則為政治獻金，因為在民進黨是政治人物直接拿錢，在中國國民黨則錢先進入黨部，再轉給政治人物，經過合法洗錢，因而變成政治獻金。
顯然的，民進黨不是「以黨領政」的政黨，該黨籍總統不需要透過黨部來指揮該黨政治人物。事實上在蔡英文與民眾蜜月期時刻，她自己的聲望遠超過黨主席這個職位，任何人當主席，還是一樣要揣摩蔡英文的心意行事。不過當她與群眾的蜜月期結束後，很多人會挑戰她，不必動用到黨主席。
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