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馬英九當選總統之後，中國國民黨大老曾經邀請他兼任黨主席，他沒有接受，婉拒的理由是要專心國家大事，可是，經過一段時間，他卻逼下吳伯雄，自己兼任黨主席，難道他已經不關心國家大事了？不明就裡的人誤以為是他的個性反反覆覆。事實上，不是他心態的不穩定，而是在各階段都有不同的鬥爭策略。
未下野以前的中國國民黨是以黨領政，權力中心在黨部，國家政策是在中常會形成，議決後再交由從政黨員執行。尤其是蔣家執政時代，連地方政府都要接受地方黨部的指揮，縣市黨部主委有若太上縣市長。該黨下野後雖然失去政權，但黨部的架構仍然相當穩定，還繼續掌控地方派系。馬英九接任總統之後，意圖改變行政權與黨部之間的政治生態。
以七百多萬票當選總統的馬英九認定中國國民黨之所以可以奪回政權，是依靠他個人魅力，因而馬系人馬掌握國家大權是天經地義的事，他拒絕其他派系在權力方面分一杯羹。
吳伯雄的黨主席變成很尷尬的角色，未下野以前的黨主席可以呼風喚雨，可是，到吳伯雄手上卻變成閒缺。為了重振黨部的影響力，有人希望馬總統兼任黨主席，意圖在中常會形成政策，擔任主席的總統不得不接受，馬英九很清楚箇中道理，婉拒黨主席職位。
中國國民黨取得總統寶座，又控制了立法院，民進黨的立委席次連四分之一都不到，中國國民黨已變成一個相當穩定的王朝。接任總統初期，馬英九大權一把抓，冷落了非馬系人馬。只是他掌控了行政權，卻抓不到立法權，這是他之痛，該黨的黨籍立委不接受總統的指揮，在執行立法權時，立法院的意見與總統之間形成南轅北轍。
中國國民黨籍立委可以不理會總統，但會賣黨主席的面子，一則連任時提名權操縱在黨部，一則黨部有豐富的資源，選舉時，中國國民黨籍候選人都要依賴黨部的支援，黨籍立委會賣黨主席的面子。馬英九很清楚，只要掌控黨機器，就有能力指揮黨籍立委，所以，逼退吳伯雄，自己兼任黨主席，以便駕馭黨籍立委。
一個政黨若完全制度化，黨主席就沒有權力，馬英九當然不願意當一個虛位的黨主席，他要掌握實權，不希望該黨完全制度化。還未接任黨主席，他就開始控制地方派系的運作，只要掌握黨部的實權，就可以駕馭黨籍立委，進而掌控立法院，破壞行政與立法分立的憲政體制。
台灣是行政與立法分立的國家，行政單位不得干預立法權，立法單位也不能介入行政權，行政首長若是有能力掌控立法權就變成獨裁者。馬英九若成功收編立法院，就恢復蔣家執政時代的獨裁體制，行政首長獨大。
連獨裁者蔣介石的嘴巴都會掛著「自由民主」的口號，現在的國家元首更需要以「自由民主」為招牌，可是，馬英九卻赤裸裸的顯現出獨裁者的面目，所以會如此，是因為在中國國民黨內部積極擴權的不是只有他一人。正常國家應該在憲政體制下發揮各人的權責，可是，中國國民黨卻在政治分贓下尋找平衡點。
台灣的體制是國會掌控立法權，總統擁有行政權，各有自己的權責，可是，中國國民黨內部大家都積極擴權。黨籍立法委員想在行政權方面分一杯羹，馬英九也要左右立法權，雙方形成對立的狀態，造成馬英九積極拿下黨主席的職位，以便駕馭黨籍立委，一則防止黨籍立委介入自己的行政權，一則自己可以掌控立法權。
台灣是一個不正常的國家才會出現最高行政首長意圖控制立法權，好不容易由獨裁體制走向民主，現在又要從民主體制走回獨裁。本來行政與立法分立形成相互制衡的機制，可是，行政首長介入立法權會將制衡的架構完全破壞，造成獨裁者為所欲為。或許有人認定總統兼任黨主席豈止馬英九一人？李登輝與陳水扁也都如此，事實上，他們兩人兼任黨主席有其特殊的背景，與馬英九完全不同。
兩蔣獨裁體制時代是以黨領政，這個制度不會因為蔣經國去世而突然改變，還是會維持一段期間。當時保守勢力積極搶攻黨主席的職位，以便掌控國家大權。依照體制，繼任總統職位的是李登輝，若他沒有兼任黨主席，總統的職位立刻變成虛位元首，與憲政體制不合。只有內閣制國家的總統才是虛位元首，總統制及雙首長制都不是，況且內閣制國家的權力中心也不是在政黨。
若是李登輝沒有兼任黨主席，保守勢力會以黨機器掌控國家大權，獨裁體制就永無止境的延續下去，台灣的歷史勢必改寫。就是李登輝兼任黨主席，掌控國家大權，才有機會使台灣的政治民主化。因此，李登輝與馬英九兼任黨主席的意義完全不同，前者是由獨裁走向民主，馬英九卻是由民主走回獨裁。
民進黨與中國國民黨的架構完全不同，後者政治勢力的分配有相當大的影響力，民進黨的黨部則沒有能力分配政治勢力。中國國民黨的政治版圖建立在人脈，雖然政治人物也有自己的人脈，可是大部分人脈還是掌控在黨部手中，所以，黨主席有相當大的影響力。民進黨的人脈薄弱，而且都掌控在政治人物手中，黨部並沒有人脈，黨主席的職位只能用來造勢，沒有能力影響政治人物，就算民進黨執政，黨主席還是不能掌控國家大權。
陳水扁也曾經由總統身份兼任黨主席，可是，它與權力分配無關，而只是單純因應二○○四年的總統大選而已。若是陳水扁自己兼任黨主席，總統大選時黨部的聲音與競選總部一致，若沒有兼任，雙方在國家定位方面有可能出現不同的聲音，所以，陳水扁兼任黨主席只為選舉，與權力架構無關，總統大選後他就將黨主席職位拋棄。馬英九兼任黨主席是為了與黨籍國會議員爭權，他若成功，台灣又進入獨裁體制，產生民主外表的獨裁政府。
台灣歷經世界少有的寧靜革命而由獨裁體制進入民主體制，但是，在馬英九手中又要恢復獨裁體制，這是台灣人的悲哀。
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