在民國肇造之初，宋教仁與孫文意見相左，宋反對孫的「以軍治國」、「以黨治國」，認為一定要馬上實現西歐式的議會政黨政治。

　宋與黃興原在湖南組織華興會，後來雖經頭山滿、內田長平的撮合而與同盟會聯結，但是在思想和作風上卻一直與孫派不合。

　孫文固執於華南的邊境革命，與主張長江流域中部革命的宋教仁、黃興意見對立，最後終於走上絕裂之途，宋等在上海另組革命同盟會的中部總會。

　與宋絕裂後的孫文成了邊緣人物。武昌起義的成功，驗證了宋的長江革命理論的正確。

　孫文驚聞辛亥革命成功，趕緊從美國回來參加奪權鬥爭，沿途拉攏各地意見領袖，約定事成之後給予高位。一九一一年十二月二十六日，孫在上海集結過去的革命同志，商議革命後建立新政權的後續問題。

　此時，宋教仁力主引進議會內閣制度，強調議會優先。可是孫文反對議會優先，欲引用大總統制度。他認為若要確保革命的成果，就必須先成立軍政府，以大元帥為中心。大總統制和內閣制的爭論結果，宋教仁的內閣制被拒而決定實施總統制，孫文也因此成為南京臨時政府的大總統。

　大總統制雖然比議會內閣制有效率，可是臨時大總統還是被各省代表組成的臨時參議院所掣肘，仍比不上軍政府的大元帥來得有效率。

　宋教仁任南京臨時政府法制局局長，發揮了他的政治才能，領導參議院制定「臨時約法」，樹立政府組織以及共和體制。

　宋領導的參議院所制定的「中華民國臨時約法」，採用了「臨時大總統、副總統由參議院選出」的議院內閣制。

　孫中山主張的「軍政」不但無法實現，甚至連大總統制也被宋派架空為議會內閣制，孫文指責宋是「議院專制」，心想既然府院打對台，乾脆玉石俱焚，將南京臨時政府全盤轉讓給袁世凱。

　此時的孫文不但政治理念無法實現，政權也喪失，新組織的國民黨主導權也被宋教仁所奪，對宋恨之入骨。

　一九一二年八月二十五日，革命同盟會的原班人馬和其他四個政治團體合組成立國民黨，同時宣佈由秘密的革命黨改編為公開的政黨，並以組織政黨內閣為目標，表明若選舉失敗，願成為在野黨，監督政治，全力推行政黨政治之確立。

　孫文雖被選為理事長，然權力已被架空，宋教仁任代理理事長而掌握實權，自一九一二年夏至翌年三月宋教仁被暗殺為止，國民黨一直是宋教仁的天下。

　宋當時年僅三十，充滿民主政治的理想，他認為實行議會內閣制的優點是，若內閣不理想，可以立即更迭。但是若實行總統制，當總統不適任時，更迭並不容易，甚至會動搖國本。現代各民主國家的政治權威大部分皆集中於國會，為了取得政權，唯有全力投入選舉運動一途。

　宋教仁的政治理念是追求民意、信賴民意、以民為主，與孫文的「中國愚民論」南轅北轍。

　宋教仁主張的國會選舉並非全體國民參與的普通選舉，只有知識份子和具有一定財產者才擁有選舉權。

　孫文認為當時的中國存在著無數的武裝勢力，國會選舉並不一定符合各軍事集團的利益，當政治民主化妨礙自身的政治利益時，必定會引發武力反彈，因此必須以革命軍的軍事獨裁來粉碎反革命勢力。執著於議會民主之夢的宋教仁，在一九一三年三月二十日於上海車站被暗殺，中國追求民主政治的新潮流也因而受挫。

　北一輝曾指出，暗殺宋教仁的幕後黑手是袁世凱和孫文，其理由在於彼此的政治見解差異過大。孫、宋兩人政治理念不台，性格互異。宋教仁的日記裡描述，孫文不但待人接物的胸襟狹窄，缺乏誠意。而且專制跋扈，令人難以忍受、認同。這是革命同志所感受到的孫文性格之真實面。

　自從宋被暗殺以後，除了「軍政」（革命獨裁）以外，孫文從未主張過議會民主政治，甚至以宋教仁被暗殺事件為教訓，強調他的「三序」以及軍政獨裁主張。