陳水扁總統依法在24日晚上簽署公布「三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例」，陳總統批示，政府支持調查三一九槍擊案，但不應違法調查，本條例具有重大憲政爭議，應尋求釋憲或修法解決。

　總統府秘書長蘇貞昌接受訪問時表示，總統有維護憲政秩序的責任，之所以在公布時也發函給五院，係因本條例已涉及院與院際的爭執，因立法權的無限擴張，侵犯獨立的司法權與獨立的監察權，依據憲法第四十四條的權限，總統自應關切。

　立法院是在九月十四日晚上八點多將「三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例」送達總統府，依照規定計算，24日是第十日，陳總統依法在最後法定時刻簽署公布。

　不過，陳總統在簽署該令時也特別批示：「總統、副總統於選舉期間同時遭受槍擊，為明事實真相自應調查。政府支持調查，但不應違憲調查。本條例既有重大憲政爭議，宜尋求釋憲或修法解決，以符憲政秩序。」

　另外，陳總統並以箋函致立法院王金平院長，表明上述意見，箋函內容為：「貴院本（九十三）年九月十四日台立院議字第○九三○○五○七二一號咨，關於行政院移請覆議『三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例』，經貴院決議：『維持本院原決議』，再咨請公布乙案，本人業已依法明令公布，惟以總統、副總統於選舉期間同時遭受槍擊，為明事實真相自應調查。政府支持調查，但不應違憲調查。本條例既有重大憲政爭議，宜尋求釋憲或修法解決，以符憲政秩序。」

　陳總統也以箋函致行政、司法、考試、監察四院院長，箋函內容為：

　「立法院咨為行政院移請覆議『三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例』，經立法院決議：『維持本院原決議』，再請公布乙案，本人業已依法明令公布，惟以總統、副總統於選舉期間同時遭受槍擊，為明事實真相自應調查。政府支持調查，但不應違憲調查。本條例既有重大憲政爭議，宜尋求釋憲或修法解決，以符憲政秩序。」